近未来。我々が知る「現在」と何ら変わることのない風景。しかし、実際には、世界各地で異生獣（スペースビースト）が原因の怪事件が報告されていた。この事態を人知れず解決するため、世界レベルで、防衛機関（ＴＬＴ：ティルト）が結成された。その日本支部が「ＴＬＴ－Ｊ」。そして、その下部組織として、ナイトレイダーと呼ばれる特殊任務班が設置された。彼らの任務は極秘裏にスペースビーストを駆除することだった。



完璧な作戦成功率を誇るこのナイトレイダーの前に新種のビーストが出現し、新たな局面を迎えた時、謎の青年が颯爽と現れた。そして、同時に光の巨人ウルトラマンネクサスも登場する。

彼こそがネクサスの第一適能者、姫矢准であった。

ネクサスは、時空の歪みに「メタフィールド」と呼ばれるバトルゾーンを形成。巨大化したビーストをこの空間に引き込み、戦いを繰り広げる。

そして、ＴＬＴも特殊飛行メカを合体させることで、この空間に突入可能となり、ネクサスと共に戦うことなる。



ＴＬＴの新隊員、孤門一輝は、和倉隊長以下、数人の隊員と一緒に激務をこなしてきた。しかし、姫矢との出会いにより、自分の任務と取り巻く状況に疑問を持つ。組織の謎や隊員の過去、ネクサスとは？ビーストの正体は？・・・

孤門は、姫矢や仲間との友情を築きながら、徐々にその核心へと迫っていくのだった。